O município de Jacupiranga foi criado em território de Iguape, tendo sua origem remota nos fins do século XVIII, quando alguns dos habitantes da antiga Vila de Nossa Senhora das Neves, subindo o Rio Ribeira e seguindo seus afluentes, trataram de examinar e conhecer o Rio Jacupiranga, navegando-o em grande extensão, tendo oportunidade de descobrir em suas margens pequenos veios de ouro, que passaram a ser explorados.
Esse fato, natural concorreu para que novos aventureiros resolvessem transferir-se para ali, aumentando o número de habitantes, que passaram a povoar aquelas paragens. Só no início do século XIX, outras pessoas estabeleceram-se nessa região. A existência da povoação que teve o primitivo nome de Botujuru é resultado dos constantes esforços de Antônio Pinto Magalhães Mesquita, português, que auxiliado por Hildebrando de Macedo, Manuel Pinto de Almeida, Francisco de Lara França e outros, construíram a primeira capela, cuja padroeira foi a Imaculada Conceição.
Em 1870, o povoado passou a categoria de Vila, recebendo o nome de Jacupiranga, palavra de origem indígena significando jacu-vermelho. Em 1888 o Cel. Mesquita, com o auxílio do Padre Antônio Domingos Rossi e outros construíram a Igreja Matriz. A lei estadual n.º 2253, de 29 de dezembro de 1927, criou o Município, com o território desmembrado de Iguape, elevou a sede municipal a categoria da cidade. Jacupiranga conseguiu sua emancipação política-administrativa em 29 de dezembro de 1927 e instalação em 23 de junho de 1928. Foi elevada a Comarca em 31 de dezembro de 1963.

Era dia de festa na aldeia pelo fim da desova dos peixes. Os índios, todos jovens, tinham vindo a alguns anos, fugindo de uma doença que atacou a tribo. Tyu, filho do cacique, já estava crescido e entrou no mato à procura de material para enfeitar-se. Encontrou uma ave morta e dela retirou penas negras e vermelhas. Tyu era o mais bonito da festa. Sua fantasia lembrava um pássaro preto de peito vermelho. Mas nos dias que se seguiram, Tyu ficou estranho e abatido. Estava doente e nada adiantou para curá-lo. Em pouco tempo o menino morreu.
Respeitado o costume da tribo, o corpo foi enterrado junto com sua última vestimenta, a fantasia. Tempos depois, a indiazinha Inaiê, que havia crescido com Tyu, caminhava para visitar o local onde estava enterrado o corpo, quando foi surpreendida por um forte bater de asas: próximo dali, levantavam vôo muitas aves negras de peito vermelho. Daí em diante, os índios passaram a ver sempre os pássaros, em grande número, junto ao rio. As aves começaram a pôr seus ovos nas margens do rio, onde nasciam muitos filhotinhos.
Eram parecidos com jacus, só que tinham o peito vermelho (piranga), e por isso foram chamados de Jacupiranga. Os índios concluíram que os pássaros surgiram em agradecimentos à homenagem prestada por Tyu. E o rio que cortava Botujuru (corruptela de Ibitu e juru, “boca de vento”) ganhou o nome dos pássaros: Jacupiranga.